Die sogenannten Nebenwirkungen sind im Grunde genommen direkt die Wirkung der Strahlen am gesunden Gewebe. Weil die Strahlen einen streng lokalen Charakter haben (sie verteilen sich nicht im Körper), sind diese sog. Nebenwirkungen von den Körperregionen abhängig, die bestrahlt werden (z.B. Durchfall bei der Bestrahlung im Bauchbereich und Schluckbeschwerden bei der Bestrahlung im Bereich der Lunge oder Speiseröhre). Dank moderner Technik kann verhindert werden, dass gesundes Gewebe und Organe mit hohen Dosen belastet werden. Die Nebenwirkungen werden hierdurch minimiert und sehr gut beherrschbar.